病因很多，有遗传性因素、代谢性因素、感染性因素、环境因素、饮食因素、解剖因素、药物因素等等。其发病机制也非常复杂。我们可以通过了解尿液的成分，简单介绍肾结石的形成。排尿的主要作用是排出新陈代谢所产生的各种废物。人每天排出约1500ml尿液，带走了大约30克-50克废物。这些废物包括：尿素、尿酸、肌酐、各种酸性物质（氢离子、乳酸、葡萄糖醛酸、β—羟丁酸、草酸、枸橼酸等）、各种盐分（钙、磷、镁、钾、钠、氨、氯等）。这些物质在尿液中的浓度较高，但人的肾脏可以使这些物质保持平衡，以溶解状态排出体外。如果尿液太少的话，这些物质中溶解度较小的草酸钙、磷酸钙、尿酸、磷酸镁铵等物质就会形成结晶——就是微小结石。通常人会在不知不觉中将这些微小结石排出。上述结石形成的原因，就是改变了尿液中的某些成分、打破了尿液的平衡，先形成微小结石，在致病因素的长期作用下，结晶不断长大，最终发展成有临床意义的肾结石。
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