口腔念珠菌病以局部治疗为主，但严重病例及慢性念珠菌感染常需辅以全身治疗才能奏效。
1.局部药物治疗
（1）2%～4%碳酸氢钠（小苏打）溶液：本药系治疗婴幼儿鹅口疮的常用药物。用于哺乳前后洗涤口腔，以消除能分解产酸的残留凝乳或糖类，使口腔成为碱性环境，可阻止白色念珠菌的生长和繁殖。轻症患儿不用其它药物，病变在2～3天内即可消失，但仍需继续用药数日，以预防复发。也可用本药在哺乳前后洗净乳头，以免交叉感染或重复感染。
（2）龙胆紫水溶液：龙胆紫液在1∶10万的浓度时，仍能抑制念珠菌的生长。口腔粘膜以用1/2000（0.05%）浓度为宜，每日涂搽3次，以治疗婴幼儿鹅口疮和口角炎。但药物染色后，不宜观察损害的变化。市售1%龙胆紫醇溶液，因刺激性大，不宜直接用于婴幼儿口腔粘膜，但可用于皮肤病损。
（3）洗必泰：洗必泰有抗真菌作用，可选用0.2%溶液或1%凝胶局部涂布，冲洗或含漱，也可与制霉菌素配伍成软膏或霜剂，其中亦可加入适量去炎舒松，以治疗口角炎、托牙性口炎等（可将霜剂涂于基托组织面戴入口中）。以洗必泰液与碳酸氢钠液交替漱洗，可消除白色念珠菌的协同致病菌——革兰氏阴性菌。
2.抗真菌药物治疗
（1）制霉菌素（mycostatin）：本药属四烯类抗生素，1mg相当于2000U，宜于低温存放。不易被肠道吸收，故多用于治疗皮肤、粘膜以及消化道的白色念珠菌感染。局部可用5万～10万U/ml的水混悬液涂布，每2～3小时一次，涂布后可咽下。也可用含漱剂漱口，或制成含片、乳剂等。儿童（1～2岁）口服10万U/次，每日3次；成人口服50万～100万U/次，每日3次。本药的抑菌作用，可能是通过破坏细胞膜释放钾，从而引起细胞内糖原分解中止而失去活力。口服副作用极小，偶尔有引起恶心、腹泻或食欲减退者。疗程7～10日。
（2）咪康唑（miconazole）:本药为人工合成的广谱抗真菌药，局部使用的硝酸咪康唑的国内商品名达克宁。除抗真菌外，本药尚具有抗革兰氏阳性细菌的作用。散剂可用于口腔粘膜，霜剂适用于舌炎及口角炎，疗程一般为10日。
（3）克霉唑（clotrimazole）：为合成广谱抗真菌剂，毒性较大，口服后吸收迅速，4～5小时血液中达到最高浓度，并可进入粘膜和唾液中。本药能影响麦角固醇的合成，从而使真菌细胞膜缺损，内容物溢出而导致真菌死亡。成人每日口服3次，每次0.5g，日剂量最多3g。本药的副作用主要为肠道反应；长期使用可影响肝功能，引起白细胞减少，故目前多使用局部制剂。
（4）酮康唑（ketoconazole）：为国外70年代后推荐使用的抗白色念珠菌新药，能抑制真菌细胞膜DNA和RNA，疗效快，口服吸收2小时后达到峰值，通过血循环达到病变区。剂量为每日一次口服200mg，2～4周一疗程。并可与其它局部用的抗真菌药合用，效果更好。对于皮肤、消化道等口腔外真菌病也有明显疗效，目前在国外已代替二性霉素。本药不可与制酸药或抗胆碱药同服，以免影响吸收。
3.综合性治疗
对粘膜明显充血水肿、舌质红、口臭、尿黄、便秘等心火上炎或胃热夹湿见证者，可服用“口炎冲剂”（见单纯疱疹一章）。
除用抗真菌药物外，对身体衰弱，有免疫缺陷病或与之有关的全身疾病及慢性念珠菌感染的患者，常需辅以增强机体免疫力的综合治疗措施，如注射转移因子、胸腺素、脂多糖等，补充铁剂、维生素A；以及多次少量输血等。
口腔白色念珠菌病的治疗时间应适当延长，一般以14日为期，过早停药易致病损复发。而肥厚型（增殖型）的疗程应更长，有报道可达3～4个月，疗效不显著的白色念珠菌性白斑，应及早考虑手术切除。
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