1.病原治疗
采用锑剂、呋喃丙胺、六氯对二甲苯与硝硫氰胺等药物治疗血吸虫病，但自合成吡喹酮后，上述药物均已被吡喹酮替代。本药不但可以杀死成虫，尚可杀灭虫卵并抑制虫卵肉芽肿生长。吡喹酮的不良反应一般均轻微和短暂，毋须特殊处理，但有个别患者发生昏厥、精神失常、癫痫发作，因此对精神病及反复癫痫发作者，治疗应慎重并作好相应措施。
2.手术治疗
手术指征是大的占位性肉芽肿，有明显临床症状者可施行开颅手术切除；对脑部炎症水肿反应，造成急性颅内压增高，有脑脊液循环阻塞或脑疝形成而脱水剂疗效不能持续或无效时，根据病人情况可施行一侧或双侧颞肌减压术或脑室-腹腔引流术。但术后一般仍需内科驱虫治疗。
3.对症治疗
应注意休息、加强支持治疗，有脑水肿、颅内高压表现者应以甘露醇脱水治疗，有癫痫发作者，应用抗癫痫治疗，以控制发作。
4.治疗药物
（1）二性霉素B 对隐球菌、球孢子菌、念珠菌等效果较好。应用本药前给予地塞米松和非乃根等，可减轻药物反应。
（2）制霉菌素 对隐球菌、念珠菌等效果较好。
（3）克霉唑（三苯甲咪唑） 对念珠菌、球孢子菌等有效。分3次口服。
（4）曲古霉素 对隐球菌、芽生菌、念珠菌有效。
（5）5-氟胞苷 作用同二性霉素B，但它能通过血脑屏障，对肝、肾均有损害。
（6）抗生素 大剂量青霉素、林可霉素、氯霉素对放线菌感染有效。
（7）Ketoconazole 对球孢子菌、组织胞浆菌有效。
上述药物应用的期限视病情而定，并应根据脑脊液常规，生化，涂片检查和培养结果决定是否停药。用药期间要注意药物的副作用，并调整全身情况，增强机体抵抗力，消除引起真菌感染的原因，这样才易于提高治疗效果。
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