1.非特异性慢性盆腔炎 多有分娩、流产、急性盆腔炎病史，月经量一般较多，闭经极少见;生殖器结核多为不孕、月经量减少甚至闭经，盆腔检查时可触及结节。
2.慢性输卵管炎 临床表现为月经异常、下腹隐痛、腰骶酸痛、不孕等，应与结核性输卵管炎鉴别。慢性输卵管炎多有分娩、流产后急性盆腔炎史，月经量较多，而表现为闭经者较为少见，没有其他结核性输卵管炎典型检查所见。子宫内膜活检无结核病灶。
3.子宫内膜异位症 有继发性、进行性痛经，经量较多。腹腔镜检查多能确诊。
4.卵巢肿瘤 结核性炎性附件包块表面不平，有结节感或乳头状突起，应与卵巢癌相鉴别。可经腹腔镜检查或剖腹探查确诊。
5.输卵管癌 输卵管癌与输卵管结核性肿块在妇科检查时很难区别，若有阴道排黄色或血性液体且数量较多时，应考虑输卵管癌。剖腹探查时将标本送病理检查可明确诊断。
6.输卵管妊娠 临床上表现为停经、腹痛等易与输卵管结核相混淆。一旦输卵管妊娠破裂或流产时，即有内出血症状。做血及尿妊娠试验、B型超声检查、诊断性刮宫有助于明确诊断。
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