1.支持疗法：
首先应消除诱发因素，如长期大量应用广谱抗生素，皮质类固醇激素或免疫抑制剂的病人须考虑减少或停用免疫抑制剂、肾上腺皮质激素和抗生素，控制糖尿病和恶性肿瘤，调换静脉输液管等，当病人有免疫功能缺陷时，可应用免疫球蛋白、转移因子等以增强病人的免疫功能。
2.药物疗法：
内用疗法
1.制霉菌素：多用于治疗皮肤、粘膜以及消化道的白色念珠菌感染。局部可用5万～10万U/ml的水混悬液涂布，每2～3小时一次，涂布后可咽下。也可用含漱剂漱口，或制成含片、乳剂等。儿童(1～2岁)口服10万U/次，每日3次;成人口服50万～100万U/次，每日3次。本药的抑菌作用，可能是通过破坏细胞膜释放钾，从而引起细胞内糖原分解中止而失去活力。口服副作用极小，偶尔有引起恶心、腹泻或食欲减退者。疗程7～10日。
2.两性霉素B及球红霉素静滴治疗内脏念珠菌病有一定效果，但毒性较大，须注意观察。对大多数严重病人,特别是免疫功能明显受损的病人,建议两性霉素B单独静脉注射或与氟胞嘧啶联合治疗.
3.氟康唑：对无中性粒细胞减少症的念珠菌血症病人,氟康唑的治疗效果与两性霉素B相同,并且有初步资料提示,氟康唑治疗伴有中性粒细胞减少的病例可能也有效.但克氏念珠菌感染对氟康唑无反应,故应当用两性霉素B治疗.其他一些念珠菌,特别是光滑念珠菌对氟康唑的敏感性低于白念珠菌.除有克氏念珠菌或其他抗氟康唑菌株高度流行的医院外,在获知菌种鉴定和体外药敏试验结果前,作为初始治疗可用高剂量(600mg/d或更大剂量)氟康唑口服,或必要时静脉注射.而在克氏念珠菌或其他氟康唑抗性株高度流行的医院,则应当用两性霉素B作为初始治疗.但比较试验不完善,氟康唑治疗全身性念珠菌病的最佳剂量仍未确定.多数专家推荐用400~800mg/d(口服或有必要时静脉注射),特别是因为某些念珠菌对氟康唑的抗性大于白念珠菌.尤其在克氏念珠菌感染常见的医院,则应当用两性霉素B作初始治疗,直至获得体外药敏试验结果.其他唑类药物可能也有效,但没有可供借鉴的疗效对比资料.对念珠菌性心内膜炎尽管可试用氟康唑长疗程抑制性治疗,但最终几乎均需要行瓣膜更换术.
4.克霉唑：成人每日剂量2～3克，分三次内服，连续用2周。本药的副作用主要为肠道反应;长期使用可影响肝功能，引起白细胞减少，故目前多使用局部制剂
5.酮康唑：成人量200mg ，每日一次即可。还有人提 出本品200 mg，隔日服一次与每日一次，效果相同。对于皮肤、消化道等口腔外真菌病有明显疗效
6.咪康唑：散剂可用于口腔粘膜，霜剂适用于舌炎及口角炎，疗程一般为10日。
7.大蒜注射液20～40ml，加入葡萄糖液静滴，每日一次。疗效较满意，毒性亦小。
8.转移因子肌注隔日一次或内服甲氰咪胍300 mg，每日四次，可以提高机体细胞免疫功能，对促进病人康复有裨益。
外用疗法 皮肤粘膜念珠菌仅采用外用疗法即可奏效。临床应用可酌选龙胆紫、制霉菌素、两性霉素B、球红霉素及咪唑类药等作主药，配制成溶液、软膏、泥膏或乳剂以供使用。
局部治疗
(1)2%～4%碳酸氢钠(小苏打)溶液：用于哺乳前后洗涤口腔，也可用本药在哺乳前后洗净乳头。
(2)龙胆紫水溶液：口腔粘膜以用1/2000(0.05%)浓度为宜，每日涂搽3次，以治疗婴幼儿鹅口疮和口角炎。
(3)洗必泰：可选用0.2%溶液或1%凝胶局部涂布，冲洗或含漱，也可与制霉菌素配伍成软膏或霜剂，其中亦可加入适量去炎舒松，以治疗口角炎、托牙性口炎等。
3.治疗原则：
皮肤念珠菌病、口腔念珠菌病和阴道念珠菌病可局部应用多烯族抗生素(以制霉菌素或曲古霉素为主)或咪唑类药物。念珠菌肠炎、食管炎等予以口眼前述药物。内脏型念珠菌病则须全身用药，静脉滴注两性霉素B加口服氟胞嘧啶。念珠菌败血症、心内膜炎等也应联合使用两性霉素B和氟胞嘧啶。念珠菌心内膜炎的诊断一旦成立，除即予特效药治疗外，尚须争取时间(一般为24～48h，最多数日)进行手术治疗，以提高治愈率，降低病死率。
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