作为一种常用的清热解毒药，板蓝根并不是每种感冒的万能药，它只适用于风热感冒、流行性感冒等热性疾病的治疗，而风寒感冒、体虚感冒等并不宜使用。
板蓝根对于由支原体、肺炎衣原体和军团菌等引起的上呼吸道感染无效。即使同样风热感冒，不同患者也存在夹湿、内热等个体差异，板蓝根较适于体内蕴热的风热感冒，对于风热夹湿感冒的病人就不太适合。
对于它适用的风热感冒，患者还要注意鉴别：风热感冒的症状是发热较重，怕冷较轻，有汗不多，头胀痛，肢体酸痛，咽红肿痛，口干欲饮，舌质红，舌苔黄。流行性感冒症状与此相似，但发病快、病情重，高热，寒颤，肢体酸痛疲倦等。作为预防用药时，还需要注意服用剂量和时间，不要大量和长期服用，服用时间以3天为宜。过敏体质及脾胃虚寒患者应谨慎用药。