藿香正气水和藿香正气口服液的功效和作用是相同的，成分大多也是相同的，有苍术、陈皮、茯苓、生半夏、广藿香、苏子叶等，都能够起到解表，除湿，理气和中的效果，能够有效缓解外感风寒、内伤湿滞引起的发烧、头晕、恶心、腹痛、腹泻等不适症状。对于西医所说的肠胃型感冒也有一定的缓解效果。相比较来说，藿香正气水疗效更明显一些，但口感比较差。
这两种药物的区别在于藿香正气水里面有乙醇成分，而藿香正气口服液里面却不含有乙醇，两种药物的制作方式是不同的，虽然说藿香正气口服液在治疗的时候用到了乙醇，但是制作完成后里面却是不含有乙醇的。由于藿香正气水里面有乙醇成分，所以婴幼儿和孕妇是禁止使用的，喝完藿香正气水以后也不能开车，可能会检测出酒驾。