目前尚有争议。多数学者支持与人乳头状瘤病毒感染有关。一部分学者根据鼻乳头状瘤具有局部破坏性和易复发的临床特点，认为鼻乳头状瘤是一种真正的上皮组织边缘性肿瘤。
1.肿瘤学说多数学者认为，本病发病年龄大，局部破坏力强，易复发，常有恶变。
2.病毒学说目前，己知病毒感染可在人体任何部位发生乳头状瘤，故鼻腔和鼻窦也可感染。有人用杂交技术发现肿瘤内有人类乳头状瘤病毒DNA结构。这一发现支持肿瘤发生的病毒感染学说。 此外，也有人认为，内翻性乳头状瘤的发生可能与鼻息肉增生、过敏和慢性炎症长期刺激等有关。
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