1.支持治疗
按肠道传染病隔离，症状严重者应住院治疗，轻症采取口服补液即可。患者因严重腹泻可引起和电解质平衡紊乱，必须注意纠正。免疫功能低下者应加强支持治疗。发作期间避免食用含脂肪及乳糖较多的食物，有助于缓解症状。对营养不良、低蛋白血症者也应予以对症治疗。
2.病原治疗
至今尚无疗效确切的抗隐孢子虫的药物，认为有一定疗效的药物为螺旋霉素、克林霉素、阿奇霉素、大蒜素等。有人使用螺旋霉素治疗重症患者，可缓解病情，减轻腹泻，但不能避免复发。
3.免疫治疗
在有免疫功能损害的隐孢子虫患者，尽可能重建其免疫功能是治疗成功的关键。有人曾使用高效价免疫牛的初乳，治疗艾滋病并发隐孢子虫的患者，症状有所缓解，但疗效尚未肯定。
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