血栓闭塞性脉管炎应与下列疾病相鉴别：
（一）闭塞性动脉硬化症 血栓闭塞性脉管炎和闭塞性动脉硬化症，均为慢性闭塞性脉病变，二者在症状，体征和病程发展上颇为相似，但闭塞性动脉硬化症有下列特点：①患者年龄较大，大多在50岁以上，不一定有吸烟嗜好；②常伴有高血压，高血脂，冠心病，动脉硬化或糖尿病；③病变动脉常为大，中型动脉，如腹主动脉分叉处，髂动脉，股动脉或腘动脉，很少侵犯上肢动脉；④X线摄片可显示动脉有不规则的钙化阴影；⑤无游走性血栓性浅静脉炎的表现。
（二）雷诺（Raynaud）综合征为血管神经功能紊乱引起的肢端小动脉发作性痉挛，其临床主要表现，为当受冷或情绪激动后，手指（足趾）皮色突然变为苍白，继而发紫，逐渐转为潮红，然后恢复正常，少数血栓闭塞性脉管炎患者，早期也可出现雷诺综合征的上述表现，因而必须与其相鉴别，雷诺综合征的特点如下：①大多为青年女性；②发病部位多为手指，且常为对称性发病；③患肢动脉搏动正常，既便病程较长，指（趾）端也很少发生坏疽。
（三）多发性大动脉炎多见于青年女性；病变常累及多处大动脉；活动期常有低烧，红细胞沉降率增快；造影显示主动脉主要分支开口狭窄或阻塞。
（四）结节性动脉周围炎本病主要侵犯中，小动脉，肢体可出现类似血栓闭塞性脉管炎的缺血症状，其特点为：①病变广泛，常累及肾，心，肝，胃肠道等动脉；②皮下有循动脉行径排列的结节，紫斑，缺血或坏死；③常有发热，乏力，红细胞沉降率增快及高球蛋白血症等；④确诊常需行活组织检查。
（五）糖尿病性坏疽血栓闭塞性脉管炎发生肢端坏疽时，需与糖尿病性坏疽鉴别，糖尿病患者有繁渴，易饥，多尿的病史，尿糖阳性，血糖增高。
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