应与尖锐湿疣、疣状皮肤结核、结核性脓肿、上皮肿瘤、梅毒性尖锐湿疣等相鉴别。
1.尖锐湿疣：初期时不痛不痒，皮疹也不明显，多数患者一般无症状。损害大小及形状不等。可仅为数个，亦可为多数针头样大的损害：在阴肛部可长成大的肿瘤样物，有压迫感;有恶臭味;有时小的湿疣可出现阴部痛痒不适，病人可出现尿血和排尿困难;直肠内尖锐湿疣可发生疼痛、便血，而直肠内大的湿疣则可引起里急后重感。
2.疣状皮肤结核：初发损害为在皮肤受感染部位发生暗红色小丘疹，数目不定，单侧性。以后渐次发展成小结节，基底浸润发硬，其后结节增大，可由黄豆大至蚕豆大或更大，表面角质增厚，并粗糙不平，有鳞屑或痂皮覆盖，可互相融合，形成疣状或乳头状外貌。
3.生殖系阿米巴病：如阿米巴宫颈炎及阴道炎，多有疼痛伴血性或脓血性分泌物，可形成瘘管。宫颈显著破坏变形并有溃疡形成，触诊易出血。阴道黏膜粗糙，呈颗粒状突起，有肉芽组织或溃疡形成，易误为癌肿。宫颈阴道分泌物涂片或活检可见滋养体。
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