有几种需与原发性婴幼儿型青光眼鉴别的常见眼病，主要是因为这些疾病的某些症状或表现与原发性婴幼儿型青光眼相似，但不会同时出现畏光、流泪、眼睑痉挛、角膜扩大和Haab纹、视盘杯凹扩大等全部特征。其他重要的病史包括家族史(特别是同胞)、妊娠期间母亲感染(风疹)史及出生史(是否产钳助产)，对怀疑青光眼和其他疾病相鉴别非常有用。
1.大角膜(magalocornea) 是一种少见的先天异常，双眼发病，90%见于男性，属性连锁隐性遗传。角膜透明，直径常为14～16mm。大角膜可伴深前房、虹膜震颤以及屈光度异常。房角正常或小梁色素较多，也可有明显的虹膜突。但大角膜无后弹力层破裂、眼压增高及视盘杯凹扩大等原发性婴幼儿型青光眼征象，视功能无损害。有报告某些家系中有一部分患者为大角膜而另一些则是发生了青光眼，因此有人认为它是与原发性婴幼儿型青光眼具有相关基因疾病的一种不同表现型。临床上，对任何大角膜病例均应加强随访，特别注意有无眼压和视盘变化。大角膜也可因眼前段增大，晶状体悬韧带脆弱断裂，发生半脱位，以致引起继发性青光眼。可根据大角膜本身的特点及其相应表现不难与原发性婴幼儿型青光眼区分。
2.角膜产钳伤 分娩难产时用产钳助产不当可损伤新生儿的眼球，造成角膜后弹力层破裂而致角膜水肿。这种后弹力层破裂常为多发性、呈垂直或斜行条纹，与原发性婴幼儿型青光眼所致的水平性或与角膜缘同心的后弹力层破裂不同。角膜产钳损伤常为单眼，左眼多于右眼，因为出生时的胎儿多为左枕前位。相应眼睑皮肤及眼眶周围组织常同时有外伤征象。角膜后弹力层破裂纹可终身存在，角膜水肿可持续1个月或以上，但角膜不扩大，眼压正常或偏低，视盘正常。根据其特征性表现和产钳助产史，易于与青光眼鉴别。
3.先天性遗传性角膜内皮营养不良 为出生时的一种常染色体隐性遗传性疾病。临床表现畏光、流泪及视力下降，其特点是双眼角膜水肿混浊，但角膜大小正常，无眼压升高。初起时角膜雾样水肿、实质层呈毛玻璃样混浊，角膜中央较重，逐渐向周边扩展，最后全角膜弥漫性极度增厚。后期角膜可有带状变性、瘢痕及新生血管。系角膜内皮细胞明显减少或缺乏所致。
4.泪道阻塞 可有泪溢，但无畏光，通常见于新生儿泪道发育不全。在正常发育眼，泪鼻管下端的开口处有一半月形瓣膜称Hasner瓣，有阀门作用。泪溢的新生儿常因鼻泪管下端残膜而致阻塞，检查见眼球正常。如果发生新生儿泪囊炎，常常伴有黏脓性分泌物，累及角膜时可有畏光和眼睑痉挛。但角膜无扩大，压迫泪囊常有较多脓性分泌物。必要时可在全身麻醉下检查并做泪道冲洗，甚至探通以证实有无泪道阻塞存在。
5.高度近视 与原发性婴幼儿型青光眼易混淆的是其大眼球表现，尤其是单眼患者。缺乏畏光、流泪、眼睑痉挛、角膜扩大和Haab纹等表现，眼底视盘入口倾斜，周围的有巩膜环(近视弧)以及脉络膜萎缩斑等病理性近视眼的特征，眼轴明显增长。随着年龄增大，近视度数和眼轴可逐步增加，但眼压正常。
6.视盘先天性小凹(Optic pits) 是视盘上的一种发育异常。表现为视盘上边界清晰的圆形或椭圆形凹陷，多位于颞侧(约3/4)、中央视盘上，常常是眼底检查时偶尔发现。先天性小凹多为单眼，大小为1/6～ 1/3的视盘直径，深度为2～7D不等，多数为1个。先天性小凹的壁陡峭，色灰白或黄白，边缘有神经纤维、血管及胶质组织。患者无自觉症状，但视野检查可表现为各种不同形态的视野缺损。与原发性婴幼儿型青光眼的区别在于视盘先天性小凹是静止的，且没有角膜扩大、水肿混浊及眼压升高等表现。
7.视盘生理性大视杯 也是一种视盘的发育异常，有认为是胚胎发育过程中原始上皮乳头(Bergmeister papilla)过度萎缩所致。除了视杯凹陷大以外，不伴有其他的与青光眼相关的临床表现。生理性大视杯在人群中有报道C/D≥0.5占6%，可有家族倾向性。在同一家系中，可有几个或几代成员具有形态相似的视盘大视杯。国内通过生理性大视杯家系调查发现，生理性大视杯的发生与遗传有关，可能为常染色体显性遗传。这种生理性大视杯的盘沿正常，杯凹均匀，没有视网膜视神经的任何损害，视功能正常，更没有原发性婴幼儿型青光眼的特征性临床表现。
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