感染的口腔组织的外科手术或常规的牙科操作，感染的下尿路插管，脓肿切开和引流和内置器的细菌生长，特别是静脉注射和心内导管，导尿管和造口术内置器及导管均可引起短暂的菌血症。典型的革兰氏阴性菌血症是间歇性和机会性的，虽然这种菌血症可能不影响健康人，但对免疫受损并伴有重病的患者，化疗后的患者以及严重营养不良者，则可产生严重后果。感染的初发部位通常在肺部，泌尿生殖道，胃肠道或软组织，包括患有褥疮溃疡的皮肤，也可发生于危险人群，特别是有心脏瓣膜病，人工心脏瓣膜或其他血管内假体患者的牙科手术后。
慢性病和免疫受损患者发生革兰氏阴性菌血症较常见，但这些患者的血流也被需氧菌，厌氧菌和真菌感染。拟杆菌可并发腹部和盆腔感染，特别是当女性生殖道被感染时更易发生这种并发症。
脑膜或心包或大关节等浆膜腔的转移性感染可由短暂的或持续存在的菌血症所致，特别是当致病菌为肠球菌，葡萄球菌或真菌时，还可发生心内膜炎。但革兰氏阴性菌血症很少发生心内膜炎。静脉吸毒者，葡萄球菌性菌血症常见，葡萄球菌也是可累及三尖瓣的革兰氏阳性菌性心内膜炎的主要致病菌。
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