根据病史，临床表现，染色或培养真菌阳性，典型病例不难诊断，培养或活检出致病性真菌，可明确诊断，由于真菌培养需时较长，而真菌性巩膜炎的视力预后，又决定于治疗开始的早晚，只要刮片发现真菌菌体或菌丝，即可诊断为真菌性巩膜炎，并立刻进行抗真菌治疗，如果具备条件，应进行抗真菌药物敏感试验。
应与细菌性或病毒性巩膜炎相鉴别，真菌性巩膜炎一般眼部刺激症状轻微，但病程绵长，药物治疗效果差，鉴别尚需要实验室检查的阳性结果。
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